Quỹ Đầu tư Miền Nam được thực hiện các hình thức đầu tư trực tiếp với tư cách là chủ đầu tư hoặc tham gia góp vốn với các tổ chức khác để đầu tư các dự án thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư, cho vay được Hội đồng Quản trị ban hành.

Các dự án do Quỹ tham gia đầu tư theo các hình thức như: Hợp đồng hợp tác kinh doanh (BCC); hợp đồng đầu tư theo phương thức đối tác công tư (PPP) hoặc thực hiện dự án đầu tư.
Các hình thức đầu tư khác theo quy định của pháp luật về đầu tư.